Главный аэропорт страны находится в Найроби – международный аэропорт им. Джомо Кеньятты. Также популярны среди путешественников международные рейсы с прилетом в Момбасу – город на побережье Индийского океана. 

Прямого авиасообщения между Кенией и Россией нет. Удобные маршруты в Кению предлагают европейские авиакомпании British Airways (стыковка в Лондоне), SWISS (стыковка в Цюрихе), KLM (стыковка в Амстердаме), Turkish Airlines (стыковка в Стамбуле), ближневосточные Emirates (стыковка в Дубаи), Etihad Airways (стыковка в Абу Даби), Qatar Airways (стыковка в Доха), а также африканская Kenya Airways, совместно с а/к Аэрофлот или KLM.

В Кении действуют более 20 региональных аэропортов, связанных регулярными рейсами, и около сотни полевых аэродромов, обслуживающих легкие самолеты малой вместительности и вертолеты, которые, как правило, используются для перелета между национальными парками во время сафари. Национальные авиакомпании Кении:  Kenya Airways (выполняет международные и внутренние рейсы, состоит в альянсе SkyTeam), African Express Airways (международные и внутренние рейсы), Airkenya (только внутренние рейсы, рейсы между национальными парками), FLY 540 (международные и внутренние рейсы, низкобюджетная авиакомпания).